Фонд защиты национальных ценностей, связанный со скандально известным олигархом Евгением Пригожиным, известным как «повар Путина», потребовал признать «Медиазону» иностранным агентом. Соответствующий запрос представители организации, направили письмо в Государственную Думу, Генпрокуратуру и Российскую Федерацию. Глава фонда, «социолог» Максим Шугалей у себя в телеграм-канале написал о том, что его заставило написать этот донос: «если твою страну поливают грязью, выставляют ее „наивысшим злом“ на мировой арене — нужно дать адекватный ответ».
По мнению пригожинского подручного, «Медиазона», якобы искажала факты и лгала читателям об истинном положении дел в России. Шугалей просит признать Медиазону иностранным агентом, поскольку она ссылалась на материалы ФБК и «Медуза», а также ряда правозащитных организаций. Псевдо-политолог также недоволен репортерами издания, которые освещали дело Надежды Савченко и судебное разбирательство по делу «Сети», тем самым якобы пытаясь доказать невиновность «преступников». Еще одним поводом для недовольства Шугалея стало расследование том, как ФСИН скрывала эпидемию коронавируса среди заключенных.
За последние пять лет Медиазона неоднократно получала гранты от Фонда поддержки российских СМИ «Среда». Журналисты издания стали лауреатами премии «Свободная пресса Восточной Европы», учрежденную Немецким и-норвежским фондами. По словам Шугалея, это свидетельствует о том, что издание получает финансирование из-за рубежа.
В 2019 году журналистам «Открытых медиа» удалось установить, что Фонд защиты национальных ценностей имеет прямое отношение к олигарху Евгению Пригожину. В частности, в роли его учредителя выступает некий Александр Малькевич, который работал главным редактором проекта РИА Федеральное агентство новостей, входящее в обширную медиаимперию Пригожина.