Генпрокуратура признала издание «Проект» «нежелательной организацией». Министерство юстиции внесло главного редактора Романа Баданина и нескольких журналистов издания в реестр СМИ, выполняющих функции «иностранного агента».
По результатам изучения поступивших материалов 15 июля 2021 года в Генеральной прокуратуре Российской Федерации принято решение о признании нежелательной на территории Российской Федерации деятельности иностранной неправительственной организации Project Media, Inc. («Проект Медиа») (США).
Поводом для принятия данного решения послужило то, что ее деятельность представляет угрозу основам конституционного строя и безопасности Российской Федерации.
В конце июня московские полицейские пришли с обысками к Баданину, его заместителю Михаилу Рубину и корреспондентке Марии Жолобовой. Поводом для обысков стало уголовное дело о клевете, возбужденное из-за расследования о бизнесмене Илье Трабере, вышедшего на телеканале «Дождь» в 2017 году.