Политика обвиняют в том, что он якобы создал и возглавлял экстремистскую организацию, которая призывала к насилию и свержению власти. Процесс проходит в закрытом режиме в колонии №2, где Навальный отбывает срок по другому делу. На заседании 19 июня допросили двух свидетелей обвинения — экспертов по экстремизму, которые анализировали публикации и видео Навального и его команды. Они заявили, что якобы нашли в них признаки экстремизма, такие как унижение достоинства чиновников, разжигание социальной ненависти и призывы к массовым беспорядкам. Защита политика критиковала методологию и выводы экспертов, указывая на их ошибки и противоречия. Навальный также высказался по поводу экспертизы, назвав ее «полным бредом» и «профанацией». Он отрицает свою вину и считает дело политически мотивированным.
Правозащитники и международные организации осудили суд над Навальным и потребовали его освобождения. Директор Amnesty International в России Наталья Звягинцева назвала процесс «политическим фарсом» и «попыткой замять голос оппозиции». Она также отметила, что суд проходил в закрытом режиме, нарушая право на справедливое судебное разбирательство. Представительница ООН по правам человека Равина Шамдасани заявила, что дело против Навального является частью «систематического подавления гражданского общества и свободы слова в России». Она также выразила обеспокоенность состоянием здоровья политика и призвала к его немедленному освобождению. Представитель Совета Европы по правам человека Дунья Миятович назвала преследование Навального «неприемлемым» и «противоречащим международным стандартам». Она также подчеркнула, что Россия должна выполнять решения Европейского суда по правам человека, который неоднократно признавал нарушения прав Навального.